Nel maggio 1888 la Deputazione Provinciale delibera l’edificazione della Clinica Psichiatrica da costruirsi all’esterno del circuito ellissoidale del manicomio. Il cantiere si attiverà un anno dopo e l’inaugurazione del complesso avverrà nel 1894. Il fabbricato è costituito da un corpo centrale ad U lievemente aggettante rispetto alle ali laterali che terminano con due corpi perpendicolari di dimensione ridotta.

L’asse dell’edificio è caratterizzato dall’elegante portale di ingresso e dal timpano con orologio che, attualmente, è stato rimosso. In questo blocco edilizio, oltre alla sede direzionale e agli uffici, si trovavano ampie sale d’aspetto, aule per riunioni e per la formazione dei medici provviste di archivio e biblioteca, oltre che ad altri ambienti sempre legati alla vita collettiva dello staff sanitario.

I due corpi laterali comprensivi delle due ali a perpendicolo, sia a piano terra che al primo piano, erano destinati, invece, alle corsie ospedaliere rispettivamente maschili e femminili che, al momento dell’inaugurazione, assommavano a 20 letti destinati ai malati “tranquilli”; 8 per i “sudici” (ovvero per malati incapaci di curare la propria persona); 8 per gli epilettici; 10 per gli “agitati”. Inoltre vi erano altri 21 letti da destinare a medici, infermieri e al portiere per i rispettivi turni di guardia.

Alcune stanze erano destinate alle ricerche di chimica clinica, alla vivisezione, alle autopsie, alla microfotografia, alla biblioteca.

Nel sottosuolo, invece, era collocato lo stabulario degli animali utilizzati nella ricerca e nelle sperimentazioni.

Molta attenzione venne accordata all’arredamento: particolari indicazioni definirono le dimensioni e le tipologie delle rubinetterie delle tinozze dei bagni, i tipi di materasso per gli ammalati mentre le scrivanie per i medici vennero desunte dalla mobilia in avanzo di palazzo Medici Riccardi.

La Clinica venne a rappresentare l’Istituto di Studi Superiori Pratici e di Perfezionamento che nel 1924 diventerà l’Università di Firenze.