La Villa prende il nome dal commendator Egisto Paolo Fabbri (1824-1894), acquirente dei locali di Bonifazio, al quale si deve la sua ristrutturazione e l’arredamento. Nasce dalla riconfigurazione di un vecchio fabbricato rurale del XV secolo, il cosiddetto Palazzo del Guarlone, nato come dipendenza del monastero e poi destinato a casa di amministrazione dei beni posseduti dai Vallombrosani a San Salvi. La struttura preesistente fu completamente modificata nei suoi caratteri originari, in favore di un’immagine complessiva di austero ordine, sia in facciata che in pianta. Dell’edificio quattrocentesco veniva mantenuta soltanto la torre.
Nel secondo dopoguerra, il pensionario fu ampliato con l’aggiunta di un corpo ad ovest, orientato perpendicolarmente rispetto all’edificio principale (quattro grandi camere disposte su due piani). In origine il pensionario era destinato ai malati paganti, delle classi più agiate. Dal 1937 nella furono ricoverati parkinsoniani post-encefalitici, e dall’anno successivo anche gli affetti da forme nervose di vario tipo. L’edificio assunse così formalmente dal 1940 il nome di Padiglione Neurologico.